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2014年6月3日 星期二

Neuro-Imaging Tools -- FSL 及 AFNI之安裝


在686Campus,我呆的單位Neurological Disorder,其實是研究腦科學的單位。本來一開始並沒想要處理腦部,畢竟和我所在的學門不同。但是後來想一想,何不使用他們最習慣的工具,做他們最習慣的事;而我要配合的,就是找個研究主題來"應用"。所以開始了Brain MRI影像處理。

我要講的是Tools,以及這些Tools在mac上的安裝。

他們一開始介紹給我的是FSL(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)。FSL的安裝相對簡單,其實只要上FSL的官網,照著做就可以了。這邊把步驟翻譯一下:
第一,先安裝x11(10.7可以跳過,但是現在大家的osx應該都是10.8或是10.9吧),x11在這裏(http://xquartz.macosforge.org/landing/)可以找到dmg檔,直接下載安裝就好。
第二,接下來到FSL的下載頁(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/)來下載,下載前有一些 licences agreement要點,用mac的童鞋,請下載fslinstaller.py。
第三,執行fslinstaller.py,語法:

cd ~/Downloads
python fslinstaller.py
就這樣,還不算難吧。

2013年7月17日 星期三

StackEdit + markdown (圖片已經調整過大小)

想看看如何可以加快blog的寫作。剛好又看到這一篇:台灣製造,新一代部落格平台 Logdown。卻又發現它真的是一個平台,而不是寫作平台。其實我還蠻滿意blogger免費的空間,畢竟我也不是賺大錢的部落客,寫blog也只是滿足一下自我表現而已(當然,也是訓練自已的文字能力)。

後來,又發現這個StackEdit,似乎用Markdown語法來寫作比較有效率。同時也試看看在圖片的控制上是不是比較快。

這一個是小圖測試小圖測試

2013年7月3日 星期三

[開箱] 又有玩具了 -- Nexus 7 及 XPAD-X1

很久沒買東西(ㄨㄢˊ ㄐㄩˋ)了。最近教授又說:有空來"進度報告"一下。慘了,沒進度要報什麼??
雖然拜託別人寫的程式是好了,但是測試平台卡在預算通過了沒也不知道,所以忍痛,買個一兩台先來試程式看看再說了。所以就有以下兩部機子了。

▼▼▼ 這就是這次開箱的主角,一是Nexus 7,3G 32G版本。一是台灣貼牌大陸貨,XPAD X1 (似乎是HKC Quest貼牌)。

為什麼買這兩台呢?其實是有原因的。

2013年1月9日 星期三

工作單位發的-LG E400

最近工作的地方把PHS換掉了,不意外的,換了遠傳的服務。附贈的是一支3G Android的smart phone-LG E400-算是便宜貨入門機種吧。

▲▲▲ Pc家是賣這個價錢,難怪是辦門號送的手機。不過,比當初和PHS簽約時送的PG1100好像便宜了不少,而且免費的通話時數和簡訊也變成沒有了,不知道負責合約採購的人是怎麼簽條件的?

2012年5月8日 星期二

[引用] A bit about the diode

A bit about the diode:
Most of you already know what a diode is, but how much do you really know about the device?

The diode is a component which allows current to pass in only one direction. Originally they were made by placing a positively charged anode plate within view of a tungsten cathode in a high vacuum. By heating the cathode to several hundred degrees, the metal’s work function is reduced enough that electrons with may leave into the vacuum using only a few volts. These electrons would then be attracted to the cold, positive anode and would flow into it and out of the tube. As the cold plate’s work function was several magnitudes higher than the cathode’s, there was a greater probability that current would flow in only one direction.

While this thermionic process works very well and very fast, the heater requirement ends up making the diode quite inefficient. As a result thermionic diodes are only used when frequencies of several hundred megahertz must be rectified at very high powers; they’ve largely been antiquated by the semiconductor diode in most applications.
Semiconductors are neat little elements. When pure, they are very good insulators and will not conduct. It’s possible though, to coax these materials to either conduct electrons or holes, simply by adding some impurities to the crystal lattice. By throwing a few atoms with more than 5 valence electrons into the lattice the semiconductor will be able to conduct electrons, creating an N-Type semiconductor. Likewise, by throwing in a few electron-few atoms it’s possible to conduct holes, creating a P-Type material. By sandwiching these two types together we can form a PN junction; a diode.
With the P-Semiconductor biased positively and the N biased negatively, electrons easily can flow into the diode, jump across the small 0.7V depletion region and leave to continue on their merry way. If the diode is biased incorrectly though, holes and electrons migrate away from the junction and a very big depletion region is formed. In fact, the junction turns into a few-picofarad capacitor, and in some cases may even be used as such.
As great as they may be, PN junctions are lossy little things. Though they do a really good job of blocking reverse current their 0.7 (now, 0.5) volt depletion region will readily burn 14 watts if 20 amps are to be rectified. Not only that, but it takes significant time for the diode to ‘recover’ after a reverse-bias, thereby limiting the speed at which it may rectify. 1N series diodes are usually no good for anything more than 400Hz! UF series diodes are much faster and may operate at 100kHz smoothly, but anything more than 500kHz is a bit much to ask for. I suppose we can’t complain though, since they sure beat the hell out of coherers!
I hope you all liked this article; in the future we’ll take a look at specialty diodes!


Filed under: Ask Hackaday



2012年4月17日 星期二

[引用] 在word中做醫學專有名詞的拼字檢查

想必,做這一行的"人們"都有這個問題:

word一直把醫學專有名詞當作拼字錯誤
害我一直沒看到那個紅底線,結果整篇文章錯誤百出

是的,其實我以前的想法,是想把medline中abstract的文字貼到word中,然後全部給它"加入字典"中就完成自己的一個字典。後來發現有UMLS, Unified Medical Language System,其中有8百多萬個medical term可以使用。不過一個字典有8百多萬筆資料,也太大了一些。其他如SNOMED-CT等等的,也是超大超多的。

 不過,還是有人"早"就想到這個需求了。Free Medical Spell Checker For Microsoft Word, Custom Dictionary就是為了這個而產生的。它約有10萬筆字,安裝很簡單,下載它的 MTH-MedSpelChek.dic 檔,解壓縮放到microsoft office中,可以選擇和custom.dic放在一起。然後開啟拼字檢查的對話框,就可以看到 MTH-MedSpelChek.dic 。選它就對了。

就是這麼簡單。

2011年10月16日 星期日

多餘死亡指數

這兩天值班,經過辦公室,看到報紙上幾個聳動的標題:

健康不平等 台東比台北人短命8.5歲 | 窮縣偏鄉健康差 | 國內要聞 | 聯合新聞網 http://udn.com/NEWS/NATIONAL/NATS6/6653338.shtml#ixzz1au5cyGNk

南部人壽命較北部短2年

其中,提到了一個指數:多餘死亡指數(簡單的解釋在這兒)
 
看起來很嚇人吧!
多死的,因為你住天龍國以外,如果你住在台北,就不該死了。

真的是這樣講的嗎?

少活多少年,其實不必提出這個多餘XX指數,光看平均餘命(如下圖)就可以了。

2010年12月16日 星期四

第一次寫程式作業,就"沒"上手(三)

所以,在重覆呼叫類似的class後,就把網頁的部份截取下來了。

回顧為什麼程式不work的原因,可能有幾個。我把它標注在下面的程式碼中:

第一次寫程式作業,就"沒"上手(二)

上次有提到這那個forum(如下),談到如何和uniport(這是一個生物資訊學的網站,有關蛋白質結構),它如何把資料post出去。其實,後來也再找到一個Python Library Reference的網站,它就有明白的講如何用httplib, urllib來做GET及POST的動作。
PPT.cc縮圖服務 Python Library Reference
不過,這些都只教你要import urllib來post資料,至於如何抓資料,就沒有提了。

所以,我又去找,找到的下圖的網站,他本身是個python教學的網站,其中就有個例子,是要去截取中央氣象局的資料,而只抓取台中的氣溫、降雨機率等的資料。

2010年12月13日 星期一

第一次寫程式作業,就"沒"上手(一)

因為有根筋不對,所以今年9月,我又重新取得"學生"的身份。唸的是身邊的人覺得我有點熟,但是我自己覺得應該是很不熟的資訊,或者應該稱之為"應用"資訊??

結果的結果,就是終於出現要"寫程式"的課。這..這....這........根本是我最大的夢靨。

打從我還小,看程式寫作一遇到開關檔案就再也看不下去了,不管是BASIC, pascal, C, 等等等。最後一次寫程式是在 CASIO 的可程式計算機上(如左),用BASIC寫一個猜數字的程式(就那個猜1A2B那種)。還記得那台計算機是我二姐夫送我的,而且只有一行顯示幕及8K的容量。電力由兩顆LR3032提供。另外還有一顆小電池維持記憶體功能,不在換電池時洗光所有的程式。


由於很小,沒什麼記憶體,所以沒什麼檔案輸出入的功能,雖然是BASIC programmable calculator,但是主要是用來輔助複雜的計算而已偶爾寫寫小小小的文字遊戲還可以。對了,後來好像移殖了一個猜英文單字的程式。不過,由於記憶體小,英文字的字庫也是小小小的,一下子就猜中了。後來,當然是玩到沒電,買電池,換電池。最後買不起電池就放棄它了。

不過,這次是完全不一樣的,老師的要求是做一個網路AGENT,做的工作是:

2010年1月12日 星期二

Impact Factor and Its Role in Academic Promotion

The International Respiratory Journal Editors Roundtable在2009年(已經是去年了)發表了一個聲明,要求各個政府或研究單位,不要把impact factor當作評斷一個研究者的方式。這個部份小弟我在之前的文章:學術界的遊戲:impact factor有提到相關的議題。今天終於有高層的editor群,認真的把這件事寫成一個聲明了。

這次的聲明,他提出了幾點:
1. impact factor只反應對雜誌的credit,不能反應個別文章的品質。
2. impact factor並沒有考慮到從事此方面研究的人數,即使研究的主題很重要,但是從事研究的人員不多,相對的其impact factor也無法提高。
3. review article會對impact factor灌水。
4. impact factor只反應引用的頻率,並非反應文章的品質。

希望我以後有夠質量的文章發表,也希望不要再以這個來當評分標準了。

2009年7月28日 星期二

是不是該買支愛瘋了呢??(iPhone)

不知道你的手機是那一支??有多少功能??有多強的心臟(CPU)??有上網的能力嗎??

最近瀏覽網路的醫學新知,漸漸的發現這支愛瘋慢慢的展露出頭角了。想之前當R1時,口袋裏放的是只有8M的Palm Vx,灌的除了醫院藥典外,不外呼是什麼"長庚實習醫師生存手冊"、"BMI/BSA calculator"、"acid-base calculator"、"5-mins consult".....等等等的小程式。在現在CPU更為強大、全彩高解析的螢幕、3G網路ready的手機上,能有什麼新的呢??

沒事可以看看這個搜尋結果的連接。可以看到強大的手機可以把這麼多的東西給"建"進去:像說

1. 大部頭的handbook:

不錯吧,有webMD, Merck manual, Red Book, 5 Minute Clinical Consult*, Epocrates*等等應急的書!!
*表之前小弟在palm上有用過

2009年1月10日 星期六

切片乎??生檢乎??穿剌乎??

上次聽某位醫界大老談"醫學論理"時,突然提到這個biopsy的中文翻譯的問題。他的說法是,翻成"切片",好像非常可怕的樣子,不知情的病患會想到的是---把人剖開,拉出來,再像切土司一樣的切一塊下來---??更有甚者,有些甚至寫到"活體""組織"生檢,嚇人吧。

真的是這樣嗎??那,到底是要怎麼翻譯呢??
還是先從WIKI著手好了,在中文WIKI百科上可以查到:

活體組織切片(biopsy)是指經由手術、內視鏡或針頭穿刺等方式,在身體中取出活的組織切片後交給病理專家在顯微鏡下觀察是否有異常的一項檢驗技術。可檢測腫瘤細胞的發生與發展狀況,也可用來確認手術切除是否完全。是一向臨床上十分有效且快速的工具。

2008年10月3日 星期五

Google insight in search,搜尋看世界

Google Trends 改版了,改成了Google insight in search。在功能方面,比之前的Google Trends強蠻多的。介面看來似乎比較簡便,但是在配色方面,可能會因顯示器不同而不好閱讀。

以下,再用肺癌的神丹妙藥:Iressa和Tarceva來做測試:

▼第一個出來的圖,就是這個,和之前的差不多,只是引述的新聞事件更多了。原來下方的新聞曲線也不見了(是好是壞?)。另外,曲線也被smooth化,比較看不出那振盪的感覺。


2008年9月18日 星期四

GOOGLE TRENDS,搜尋看世界:PART 1--醫學中心

看過潘大在他的BLOG上,利用google trends的資料來看台灣的政治,覺得新鮮極了。也引起我想來看看老本行的東東,看看老師們那個比較好,看看那個藥比較多人用,而不是聽聽藥商的耳語,或是路上的八掛。

現在,就實測一下,拿來評比一下台灣四個大型醫學中心集團的狀況:台大、榮總、長庚和慈濟,這四個醫療財團。



2008年9月9日 星期二

肺癌篩檢之------自體螢光支氣管鏡

終於進台灣來了!!


肺癌預防的新世紀終於也進到台灣來了!!

請看右側,日本的pentax在2005年就開發出來的"自體螢光支氣管鏡",來偵測早期肺癌、原位癌及所謂的癌前變化。在2007年,就ACCP,美國胸腔醫學學院在CHEST上就發表了所謂的Practce Guidelines,臨床操作指引,而且還是第二版呢。反觀國內,因為裝檢(醫療器材的查驗登錄)進步緩慢,讓一些非常先進的技術和器材無法進入國內使用。

在這個月(2008年9月)雖然晚了3年,但是台北榮總胸腔部,終於在全台之首,購入了這部螢光支氣管鏡,加入早期肺癌的篩檢。而這一台在九月初裝機,已於9月9日測試使用。相信可以造褔更多的國人。

延伸閱讀:
漫談螢光支氣管鏡原理:
簡述肺癌的現況,及肺癌的篩檢
螢光支氣管鏡的使用時機:
自體螢光支氣管鏡--測試照流出

2008年8月4日 星期一

支援馬祖所測的全景照:

這次去馬祖支援,實在沒去什麼地方玩。最大的原因可能是因為颱風,以致於到的時候整個支援任務都只剩一半了,加上心中掛念一些研究工作,以致更沒心情了。

剛好拿到一個接圖軟體,順便拍些照來接成全景圖。大家看看就好


↑這張是出入的門戶,機場照片,由三張照片接起來的。馬祖機場,就一個民用小機場而言是夠了,不過相較於金門機場,就覺得縱深不足。

2008年8月3日 星期日

馬祖支援補打

有幸支援馬祖的醫療事務,讓我將所謂的"台澎金馬"都收集完畢。而"中華民國"固有疆域中的離島,我只剩綠島和蘭嶼沒去過了(請不要提東沙或是南沙,那個沒有住"居民)。

馬祖列島的醫院,除了國軍醫院外,就是縣立醫院。位置在南竿,如下:


View Larger Map

2008年5月1日 星期四

電腦遊戲有助於慢性阻塞性肺疾患者呼吸更順暢

Computer Game Helps COPD Patients Breathe Better

15 Apr 2008 2008年4月15日 根據新的研究,慢性阻塞性肺疾病( COPD )病患,經訓練玩利用呼氣控制的電腦遊戲,可能獲得更好地控制他們的呼吸。

"COPD is a double-edged sword: the incapacitating lung condition can cause such serious shortness of breath that every-day physical activity, such as walking a flight of stairs, becomes unduly burdensome-and yet one of the few effective symptomatic treatments for COPD is the very thing that its victims dread most: exercise," said leading researcher Eileen G. Collins, Ph.D., of the Edward Hines Jr. VA Hospital in Hines, Illinois and UIC.
「慢性阻塞性肺病是一把雙刃劍:功能不夠的肺可能會導致嚴重的呼吸急促,以致於每天的活動,例如上樓梯,成為過於沉重的負荷。而其中的幾個有效的症狀治療:運動,也是慢性阻塞性肺疾患者非常恐懼的。」領導這項研究的Eileen G. Collins博士如是說。

2007年9月23日 星期日

韓國開會的會場:

呵呵,看到"飛"姓友人到美國寫的"日記"式的blog,想想我的韓國都還沒寫完說,心中無限的不愧疚。

好吧,算是有一點點啦。所以啦,這次要寫的是開會的場地。

開會是在韓國的COEX CENTER,有點像我們的國際會議中心和其週邊,不過規模大了不少。光是會議中心就有好幾個可容納千人的會場,那一整個BLOCK的範圍還有三家五星級的飯店(一天住房費超過25000韓和一家百貨公司(話說有一天的韓式石鍋拌飯就是在百貨公司裡吃的)。當然如果我們把整個信義區重劃區都算進去的話是大多了,但是以會場而言,總覺得沒辦法和這個COEX CENTER比。整個BLOCK的地下都被挖空,整建成一個COEX MALL,商店上百家,和日本地下鐵附屬的地下街有拼。還有電影院、水族館和泡菜博物館都在COEX MALL裡面說。



如圖,開會的地點是叫做COEX convention & exhibition center。我們用的場地有在一樓、三樓和四樓。二樓有家不小的餐廳。而一樓除了我們,後來還有texture和gift的展覽,還有幾家常駐的展覽商店(包括那一家韓國品牌,賣自走吸塵器的形象館,裡面有一堆現代化的電子傢俱)。