Neuro-Imaging Tools -- FSL 及 AFNI之安裝

在686Campus，我呆的單位Neurological Disorder，其實是研究腦科學的單位。本來一開始並沒想要處理腦部，畢竟和我所在的學門不同。但是後來想一想，何不使用他們最習慣的工具，做他們最習慣的事；而我要配合的，就是找個研究主題來"應用"。所以開始了Brain MRI影像處理。

我要講的是Tools，以及這些Tools在mac上的安裝。

他們一開始介紹給我的是FSL(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)。FSL的安裝相對簡單，其實只要上FSL的官網，照著做就可以了。這邊把步驟翻譯一下：

第一，先安裝x11(10.7可以跳過，但是現在大家的osx應該都是10.8或是10.9吧)，x11在這裏(http://xquartz.macosforge.org/landing/)可以找到dmg檔，直接下載安裝就好。

第二，接下來到FSL的下載頁(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/)來下載，下載前有一些 licences agreement要點，用mac的童鞋，請下載fslinstaller.py。

第三，執行fslinstaller.py，語法：

cd ~/Downloads
python fslinstaller.py

就這樣，還不算難吧。

~~~~~~~~我是分隔線~~~~~~~~

而AFNI就有點困難了，到處查的結果，步驟一堆，還有一些patch要注意。其實，我的經驗是沒那麼難。而且osx 10.9到現在已經上巿半年多了，有些問題，本來要patch的，現在社群其實都解決掉了。我參考的是"getting afni working on mac osx 10.9 mavericks with home-brew" (https://gist.github.com/paulgribble/7291469)。以下步驟都是在command window中下指令：

第一，從app store 下載安裝Xcode。同時安裝Xcode command line tools，下指令：

xcode-select --install

第二，安裝 homebrew，同時進行資料庫update，下指令：

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/mxcl/homebrew/go)"

homebrew update

第三，安裝Qt4、sip、pyqt、wget，下指令：

brew install qt
brew install sip
brew install pyqt
brew install wget

第四，安裝x11，假設已經裝好了，跳過。

第五，下載 afni 到 ~/Downloads folder：

wget http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/tgz/macosx_10.7_Intel_64.tgz -P ~/Downloads/

第六，安裝afni，並且設定一些路徑：

cd ~/Downloads
tar -xvzf macosx_10.7_Intel_64.tgz
mkdir ~/afni
cp -r ~/Downloads/macosx_10.7_Intel_64/* ~/afni/
/bin/rm -fr ~/Downloads/macosx_10.7_Intel_64*

export PATH=~/afni:$PATH
export DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=~/afni
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages

ok，安裝完成，你可以試著執行afni或是uber_subject.py了。

工具在手邊，要怎麼發揮就看個人修行了。

[裝好後我才發現一個殘忍的事實，作者在3dSeg的help中寫到：I do not recommend you use this program for quantitative segmentation, at least not yet. I have a lot of emotional baggage to overcome on that front.]，昏倒~~

~~UPdate~~
經過高人指點，應該是用3dskullstrip來做segmentation才對。